東京地裁（平成１２年１月３１日）“整腸剤事件”は、「被告は、本件出願日である昭和６１年１２月１１日より前から、昭和４７年寄託したＭ５８８ないしＭ�U５８８と同一の菌株を培養して得られる芽胞を有効成分とした生菌製剤を、一貫して同一方法で製造し続けていることが認められ、これを覆すに足りる証拠はない。もっとも、昭和５８年ころから昭和５９年ころまでの被告工場内の培養工程における、いわゆるラフ型菌の発生及びいわゆるスムース型菌の不発生という不測の事故を契機として、遅くとも昭和６１年初頭ころまでバクテリオファージＫＭ１耐性菌を製剤に用いたことがあったが、これらは暫定的な措置に過ぎず、昭和６０年５月下旬ないし７月上旬に掛けて培養タンクが洗浄されて以後（遅くとも昭和６１年初頭以降）は、純粋な感受性菌Ｍ�U５８８株を用いて、被告製剤を製造していたのであるから、同事実は、被告が出願日以前から現在まで、同一菌株を培養して製剤を製造、販売しているとの認定に消長を来すものではない。そうすると、・・・・被告は、本件特許権について、先使用に基づく通常実施権を有することになり、原告の被告に対する請求は理由がないことになる」と述べている。